MIPAV

NIH的資訊部門出了兩款很棒的影像處理軟體，最有名的是ImageJ (原本只有Mac版，稱為NIHimage)，另一個則是還不太有名的MIPAV。如果說ImageJ是小畫家（雖然沒那麼陽春），那MIPAV就有點像是PhotoShop。

MIPAV的全名是Medical Image Processing, Analysis, and Visualization，由此可知它的強項是在影像處理及分析，特別是處理工具能用在3D或4D的影像，不像ImageJ幾乎都侷限在2D。以處理MRI腦影像最常用的影像處理工具來說，這個軟體幾乎是包山包海，例如：
1. Brain extraction: 有FSL的BET，跟我覺得更好的BSE

2. Segmentation: 有Fuzzy C-means等

3. Coil inhomogeneity correction (MIPAV稱為shading correction): 有MNI的N3

4. Registration: 整合有AIR、FLIRT、thin plate spline等全自動或半手動的方法，也有針對time series的對位工具。它還有Transformation工具，可以將registration結果套用到其他影像上

雖然很多個別的軟體都能提供類似或更強的功能，但將這些功能整合在一個套裝軟體裡面最主要的優點就是不需要為不同軟體轉換格式（比方說，它可以直接讀Bruker的格式），以及更棒的是當建立好一連串的處理流程之後，還可以將執行的過程錄製成script，以後就能批次處理大量影像。

雖然程式是由Java寫成，以便能跨平台，但執行起來還挺快的，根據內部人員的說法，他們花了很多功夫把程式最佳化，所以不至於比C程式慢太多。而且他們很歡迎各方意見，如果你有特別需要的功能，還可以商請他們加進去喔。