Export reference in Word into citation

https://citation-finder.vercel.app/

Install Linux as dual boot with Windows

 Although Windows can run Linux as a subsystem, it may not work properly when GUI is needed. To install Ubuntu as a dual boot system is very straightforward:

1. Download Linux ISO file.

2. Use Etcher to create a bootable USB for Linux. Etcher supports Windows, MacOS and Linux.

3. After using the USB to boot up Windows PC, it allows you to adjust partition of your C: drive to make space for Linux. No need to use other disk partition tools anymore!

After the installation and rebooting, the dual boot menu may not show up and the PC still boots into Windows. Do the following:

4. Go to Setup --> Windows Update --> Recovery, and choose to restart.

5. After rebooting into the recovery mode, choose Troubleshoot --> Advanced --> Repair Disk Image.

Then the system will reboot again. This time the dual boot menu shows up! Done!

 Useful software on Mac (with native Apple Silicon ARM64 support):

1. Homebrew: 

2. Mounty: to r/w NTFS.

    * install Mounty by homebrew as it will automatically install ntfs-3g and macfuse: 

brew install gromgit/fuse/mounty

3. Skim: lightweight tab PDF reader

* Use "defaults write -app Skim AppleWindowTabbingMode -string always" to enable opening in tab by default.  

4. CloudFlare WARP: secure wifi access

5. BBEdit: all-round free editor. 

* Add this to make BBEdit as the default editor in command-line:

export EDITOR="/Applications/BBEdit.app/Contents/MacOS/BBEdit"

6. ToyViewer: lightweight image viewer (App Store)

7. RealVNC

Scientific software:

1. FSL: If the installer didn't stop after 100% complete, just kill it by Ctrl+C. It will be ready to use.

2. ANTs (need to compile for ARM64)

* Set the following in .bashrc to enable multicore support:

export ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_THREADS=8
export ITK_GLOBAL_DEFAULT_THREADER=Pool

3. Visual Studio Code: powerful IDE for almost any coding.

4. Julia: super fast Matlab-like software.

* Set the following for multicore support:

export JULIA_NUM_THREADS=8

5. MRIcroGL: powerful Nifti viewer/converter.

6. Xcode command line tools: for compile. Install by "xcode-select –install".

SSH without password

You can remote login to other servers using a secure key: 1. Use 'ssh-keygen -t rsa -b 2048' to generate a secure key. 2. just press "Enter" for every questions. Especially, don't enter a passphrase. 3. Use 'ssh-copy-id id@server' to copy the secure key to the remote server 4. Now you can login without password

Fix Memdeley issues

1. Word plugin doesn't work in Mac Word 2016
Somehow Word plugin doesn't work in the new version of Mac Word 2016 (ver 15.35). It shows VisualBasic error code and can't insert citation. Before Memdeley provides a bug fix, the only way is to revert to previous version of Word (eg, ver 15.34). It can be downloaded from Microsoft. **Note: Word ver 15.36 has fixed this issue.

2. Memdeley very slow
Memdeley 1.17.x has some issues with Retina display on Mac, which makes it running slow on Mac. The easiest way is revert to ver 1.16.3. The plugin of this version is also compatible with 64bit Mac Word 2016. Then you can enjoy the speedy search and citation.

Automatically open Word file to the last edited

paper寫到一半離開，重新進入Word又要花時間找回到上次編輯的地方實在麻煩，只要開啟一個Macro，就能自動回到最後編輯的頁面及段落：
在Tools--> Macro--> Macro...裡面載入一個叫AutoOpen的Macro。
編輯內容，加入這道指令：
Application.GoBack
儲存後重開Word就完成了！

Best PDF reader on Mac, ever

Finally, there is a free PDF reader on Mac that is as good as the Foxit or PDF-XChange Viewer on Windows. It's called PDF Reader X. You can draw, mark, annotate, etc. It display everything in TAB! And one great feature is that it can re-open last pdf files and their pages! So you don't need to worry about losing them after restart on Mac.

Change the default font size of FSL GUI

FSL is a powerful tool for brain MRI analysis. When using a high resolution display, the default font size of its GUI could be too small (especially on laptop). Here is the way to change that:

1. open the fslstart.tcl file in {FSL_DIR}/tcl/.
2. change the default font size from 10 to 18 points in Line 23 & 24:
    option add *Font {Helvetica 18} widgetDefault
    option add *NoteBook.font {Helvetica 18 bold}
3. save the file.

Nobel Prizes in Magnetic Resonance

Finally...the Best PDF Viewer on Mac

一直以來想找一個適合看paper的PDF viewer，可是Mac就是沒有像Windows上有FoxIt或PDF XChange Viewer那樣強大的工具，特別是缺乏可用Tab顯示多篇paper的功能，唯一有的只有Preview。雖說堪用，但Preview有兩大缺點：搜尋功能很糟--只會搜尋所有開啟的文件，而沒法只搜尋正在看的文件。此外，文章讀到一半，每切換到另一篇文章再切換回去，原先看的頁面就跑掉，沒法記住上次看的位置，超不方便。

終於，等到2013年救星出現了，PDFNut完全滿足看paper的需要，可以註記，可以Tab，可以單篇搜尋，還可以開ePub等電子書格式，雖然功能不多，但輕巧快速，剛剛好夠用。

Easiest way to find impact factor

SCI Impact Factor雖然頗多斃病，但投稿時還是不免由高往低試，機構的KPI也難免以IF > 5為標的。上Journal Citation Report查IF挺麻煩，還不能查單一期刊的IF，BioxBio網站有一個很方便的介面查期刊的IF，可多多利用。

For all the teachers

The mediocre teacher tells.
The good teacher explains. 
The superior teacher demonstrates. 
The great teacher inspires.

-- William Arthur Ward

Scientific wallpaper

想讓science充斥你的桌面嗎？這個網站精選一些高畫質的科技照片來做為電腦桌面背景，來一張超酷的多重螢光的海馬迴影像吧！

Solution to Abbreviation in Mendeley

之前強力推薦使用Mendeley來管理paper，最近也開始用它取代EndNote來寫論文，不過用起來卻立刻發現一個大問題--文章引用無法顯示期刊的縮寫！這看來是Mendeley一直到最新的1.1版都還沒解決的問題。

在正式的解決方案出爐之前，目前有一個高手MrGunn提供的辦法：
1. 下載新的 loadabbrevs.js，這裡面已經根據PubMed建立好一個縮寫資料庫。
2. 如果所需的縮寫資料不在裡面，手動用文字編輯器修改此檔案。
3. 將新的 loadabbrevs.js複製到Mendeley安裝目錄的/citeproc-js/裡面，將舊有的檔案取代。此目錄在Mac上是：
/Applications/Mendeley Desktop.app/Contents/Resources/citeproc-js/
在Windows是： 
C:\Program Files\Mendeley Desktop\citeproc-js\
4. 關閉Mendeley，在Word裡面重新選擇citation style，噹噹，縮寫自動產生！

文獻管理工具 Mendeley vs Papers vs EndNote

EndNote是我用了很久的論文引用工具，雖然還滿容易透過PubMed等下載來建立論文索引，但它跟PDF檔的連結功能一直都很弱，所以文章的PDF檔我還是自己建立很多層的目錄來分類，可是日子一久（加上年紀也大），想要在好幾GB的PDF檔裡面找到想要的文章有時也不容易。

Papers是在Mac上有名的文獻管理工具，不僅有EndNote之類的論文引用功能，更可以很容易分類、檢索、註記大量的論文PDF，建立起個人的文獻資料庫，配合iOS上的行動版，非常強大。雖然它的桌面程式只有Mac版，其他平台無緣使用，但聽說有人為了這個軟體還特別買Mac，所以我在換裝iMac之後立刻就下載試用版，可是一用之下卻相當失望。由於已經有PDF，就先試著把少量(< 100篇）的PDF匯入，看看能不能自動建立文章索引，結果大概只有30%的文章能自動辨識出刊名、作者等資料，而且中間還當掉兩次，穩定度不佳。

前陣子偶然間看到Mobile01介紹Mendeley 這個跨平台（Windows, Mac甚至Linux!)又免費的文獻管理軟體，於是便裝來玩玩。直接將包含5GB的論文PDF檔案夾整個匯入，超過九成都自動辨識出文章的資料，那些辨識不出的主要都是早期用scan方式產生的PDF檔或論文的supplmentary information等，這些只要上網找到相對應的PubMed ID (PMID)或DOI輸入，也很快就能找到文章資訊，相當方便。

文章索引建立好之後，可以加上Tag跟Note來註記，以便更容易搜尋。閱讀PDF跟在上面標記畫線也很方便。Mendeley也提供類似EndNote的引用功能，可安裝plugin到Word或OpenOffice等使用。這些功能都跟Papers相當，而且更好上手。它還可以安裝在brower上的匯入工具，只要在網路上看到喜歡的文章，點一下匯入工具，就可以把文章加入資料庫裡面，超方便。

它也提供iPhone/iPad端的應用程式，可是功能就弱些，只能查閱已建立好的文獻，沒法連到PubMed等去搜尋或新增文章到資料庫裡面，這點目前還是Papers的iPhone版強得多，希望下一版本能加強。

但Mendeley最強大的還不是這些Papers也有的功能，它最主要的強項是雲端。你的所有資料庫基本上是放在雲端，甚至連PDF都可以放（一開始會送1GB空間，要更大的可以付錢升級），所以可以很輕鬆地在不同的電腦及平台上同步。在雲端的另一個賣點就是共享，你可以建立study group，把好文章跟實驗室的夥伴甚至所有的用戶分享，促進交流，有點要建立類似facebook那樣的學術社群，不過目前這方面的討論、發表等功能還很陽春，如果能看到其他人對某一篇文章的評論，那會很有用，希望在之後的版本能做到。

總之，強力推薦Mendeley，Papers跟EndNote可以掰掰了！

健忘的傳奇 -- H.M.的故事

H.M.是開啟認知神經科學的傳奇人物，他不是科學家，而是被實驗的白老鼠，由於他在腦手術後特殊的失憶模式，讓我們得以窺知記憶的神經機制：
健忘的傳奇（一）
健忘的傳奇（二）
健忘的傳奇（三）

Journal of Visualized Experiments

現在的期刊提供越來越的的補充資料，像是動畫、影片等等都可以附加，特別是篇幅有限制的期刊，補充資料甚至比本文還長。不過補充資料多半限於結果或方法，實驗的過程還是停留在文字上。現在有一個新的期刊--Journal of Visualized Experiments--提供實驗步驟的影片，讓你一目了然。像這篇Simultaneous fMRI and Electrophysiology in the Rodent Brain，就把怎麼樣動手術埋入電極、怎樣放入MRI、怎麼分析的過程都拍攝下來，甚至包含實驗的技巧都告訴你，真是勝過千言萬語。（看完之後也讓我知難而退...)

超英趕美？

今天看BBC報導英國一項根據Scopus資料庫的論文發表資訊，發現中國的科研論文數量已經超過英國，僅次美國成為世界第二多，該調查並估計再過兩三年，中國甚至可能超過美國。這樣的速度，超過之前的預期，驚人的是中國的論文發表數量在過去十年成長七倍！當然如果就論文素質(以引用率來算)，美國跟英國還是高居錢兩名，但這已經是一大警訊，假以時日，很難說不會被超越。

其實這在我熟悉的neuroimaging領域顯而易見。十年前剛畢業時，台灣有好幾個lab在這個領域很活躍，發表不少論文，中國則還聞所未聞。但在過去五六年，中國的幾個lab已經在質跟量陸續超過台灣，成為華人地區領先的團隊。聽有跟對方合作的朋友說，其中有個團隊有近百人在做研究，雖說不見得所有的成員都很厲害，但三個臭皮匠勝過一個諸葛亮，有越多人參與、激盪，量變就可能產生質變，要超英趕美似乎也不是不可能。

不過，Alan似乎並不這麼認為。上次聊天他說到很多人擔心美國會輸給亞洲國家，他覺得還言之過早，他說亞洲教育的問題在work too hard，但創意需要play hard，最好一直play到畢業。仔細想想，crazy idea跟突破性的創見，確實需要play hard才會產生呀！

徵才：postdoc工作機會

最近有四個postdoc名額要找人，相關的計畫有：

1. Imaging axonal degeneration
研發MRI方法（包括：DTI, magnetization transfer, MEMRI, fMRI）評估腦神經退化疾病，特別著重在axonal degeneration有關的幾種疾病的小動物模型，以作為將來偵測新藥物治療效果的基礎。


2. Pharmacological MRI
運用BOLD, CBV, CBF等fMRI方法偵測藥物在動物腦中的作用。特別歡迎有sequence programming或functional connectivity分析專長的人。


3. Imaging neurodegeneration under metabolic diseases
已知代謝疾病會加速神經退化，但機轉仍不明。我們正研發MRI方法偵測hypothalamus及cortical function在糖尿病及肥胖的小動物模型下的改變。方法包括：MEMRI、CEST、ASL、redox等。


4. Perfusion & functional connectivity imaging in human
發展ASL及functional connectivity方法運用在偵測children development, stroke, dementia神經功能的變化。特別需要sequence programming或data analysis專長的人。

以上皆歡迎有理工，特別是MRI/NMR相關背景的人，如果是生物背景，對MRI很有興趣，也歡迎跟我聯繫。

integrity

Ethic Training是NIH要求每個人每年都要複習一次的課程，這是由於幾年前有些NIH的科學家被舉發接受廠商顧問津貼之後開始的，身為政府僱員，是不能接受『被禁止對象』的邀約或禮物的。哪些是禁止的對象？

任何想要跟你的機構建立正式關係、有生意往來、受你的機構管制，或利益會因為你的機構的作為或不作為而有影響的個人或單位都是被禁止對象。

但是並不是任何『被禁止對象』所邀請的活動都不可以參與，而是要看金錢價值跟開放性。比方說外包商(contractor)邀請你跟他們一起party，就不可以，因為party的費用很容易就超過20元，除非這個party是開放邀請各界人士，就可以考慮參加，但必須先跟ethic advisor確認過才行。又比方如果禁止的對象邀請你擔任會議的panel，然後免除你與會的費用，你可以在主管允許下參與，但是不能在沒有擔任panel的那幾天接受免費招待。