Brain extraction tools

在處理腦影像裡面一個重要的步驟是把腦跟外面的頭殼、頭皮分開，除了便於3D visualization，也比較容易把腦內組織做segmentation，以便進一步分析灰白質或做cortical surface flattening。

目前比較有名的Brain Extraction軟體有Brain Surface Extractor (BSE)跟Brain Extraction Tool (BET)這兩個。BSE包含在BrainSuite這個免費的套裝軟體裡面，BET則是之前介紹過的fMRI分析軟體FSL的一部份，同時也包含在MRIcro這個小巧的工具程式中。

兩者都還滿自動的，用預設的參數可以把人腦分得不錯。微調上，BSE會先去除雜訊，然後找出邊緣，它提供比較多可調整的參數，可針對個別影像去最佳化。BET可調整的參數比較少，只有兩個參數可以調整要包含的腦大小。

這兩個方法各有優缺點，只是BET似乎比較針對人腦最佳化，用在老鼠的影像上，效果不甚理想，總是傾向把腦當成圓球狀而非長柱形。BSE則比較有彈性，雖然也沒法像處理人腦data有那麼漂亮的結果，但稍微調整參數，還是可以得到滿接近鼠腦輪廓的結果，且它也可以針對T2-weighted影像來處理。此外，BrainSuite也包括手動修腦輪廓的工具(Mask editing tool)，所以使用起來也比較方便。

結論：BSE勝。